Archivos Cif
OpenBabel posiblemente se pregunta por qué presenta una celda unitaria tetragonal (a .eq. b .ne. c, \alpha .eq. \beta .eq. \gamma .eq. 90 grados) por un lado, e indica la menor de las 230 simetrías de grupo espacial posibles, P1 (primitiva monoclínica, a .ne. b .ne. c, \alpha .ne. \beta .ne. \gamma .ne. 90 grados).
Pruebas experimentales (por ejemplo, una prueba SHG de Kurtz-Perry en contraste con una simetría de grupo espacial previamente asignada) pueden justificar rebajar la simetría del grupo espacial. En ocasiones (condiciones de crecimiento del cristal, configuración experimental, etc.), las desviaciones de la simetría alta(er) no se expresan con la suficiente fuerza como para ser reconocidas registrando únicamente los datos de difracción/el modelo cristalográfico de refinado, quizás especialmente en la era actual de la cristalografía rutinaria automatizada. Sin embargo, los cristalógrafos agradecen conocer de antemano el resultado de tales experimentos, y comprobar posteriormente múltiples modelos cristalográficos diferentes en consecuencia (por ejemplo, la prueba de relación del factor R de Hamilton). Obviamente, tampoco es bueno describir todas las estructuras en P1.
Crear un archivo cif
Formato de imagen de disco CD creado por Corel y utilizado por Roxio Easy CD Creator (ahora Roxio Creator); se monta como un CD físico en Windows y se puede ver en “Mi PC”; a menudo se utiliza para crear copias de seguridad de los CD.
El formato se adoptó en 1990 como una estructura de archivo estándar y se utiliza regularmente para informar de las determinaciones de la estructura del cristal. El archivo CIF contiene categorías de datos, como _audit_, _atom_, _cell_, _database_ y _refine_. Estas categorías contienen información, incluyendo la creación del CIF, las propiedades del tipo de átomo, los parámetros de la celda, los datos especificados por los gestores de la base de datos y los datos que describen los parámetros de refinamiento de la estructura.
Descarga de Vesta
El Archivo de Información Cristalográfica (CIF) desempeña un papel especial una vez que se ha completado la solución de la estructura: es el formato de archivo de la estructura. En teoría debería contener toda la información (condición del experimento, información de la muestra, referencias al software y a los algoritmos utilizados en el proceso) disponible sobre una estructura. Las tres categorías anteriores se combinan en este archivo.
Si obtiene un archivo .cif generado a partir de ShelXL-20XX, tendrá los datos de reflexión (.hkl) incrustados en este archivo. Si carga uno de estos archivos .cif en Olex2, puede comenzar el refinamiento de la estructura directamente – extraerá automáticamente las reflexiones y los datos del modelo y los colocará en los archivos apropiados.
La unidad básica con la que se trabaja en Olex2 es “una estructura”. Tiene un nombre y éste no debe cambiar a lo largo del proceso. Subyacente a esta estructura hay una única colección de datos (que puede, por supuesto, dar lugar a más de un archivo .hkl). Le animamos a que coloque todos los archivos pertenecientes a una estructura (y sólo esos) en un directorio con nombre. En la práctica, esto significa que, una vez terminada la recogida de datos, se trabaja en un directorio concreto. Para abrir una estructura concreta, haga una de las siguientes cosas:
Software de estructura cristalina
Los tutoriales anteriores han ilustrado cómo crear sistemas atómicos con Atomsk, utilizando el modo “–create”. Sin embargo, este modo sólo admite un conjunto muy pequeño de tipos de red, y es completamente inútil si está interesado en estructuras más complejas.
El Archivo de Información Cristalográfica (CIF) es un formato estándar, diseñado por la Unión Internacional de Cristalografía. Como tal, es un formato muy potente y ampliamente utilizado. Los archivos CIF de muchos compuestos pueden descargarse de la base de datos de estructuras cristalinas del American Mineralogist (AMSD), o de la base de datos abierta de cristalografía (COD), por ejemplo.
Un archivo en formato CIF puede contener las posiciones de los átomos, así como el grupo de simetría al que pertenece el compuesto. Como tal, es un formato muy peculiar: todas las posiciones de los átomos no están escritas explícitamente en un archivo CIF; tienen que ser construidas aplicando las operaciones de simetría apropiadas. Esto es lo que hace Atomsk cuando lee un archivo CIF.
Como se ha mencionado anteriormente, el archivo CIF no contiene las posiciones de todos los átomos de la celda unidad. Al menos, no de forma explícita. En este caso, sólo contiene cuatro átomos (Sr, Ti y dos átomos de oxígeno), mientras que la fórmula química indica “SrTiO3”. Sin embargo, el archivo CIF contiene el grupo espacial y las operaciones de simetría relevantes para este compuesto. Aplicando esas operaciones de simetría a los átomos, es posible generar todas las posiciones equivalentes, y llenar la celda unitaria con átomos.
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El archivo NIFR: Tesoro de información en tus manos
Abrir un archivo CIF puede ser una tarea sencilla utilizando el archivo NIFR adecuado. Los archivos NIFR, también conocidos como archivos de formato CIF, contienen información estructurada que se puede abrir y leer fácilmente. Al utilizar etiquetas HTML semánticas, como <pre> y <code>, se puede resaltar aún más la importancia y relevancia de este proceso.